Algunas veces puede que tu pen drive tenga carpetas y archivos ocultos, por lo general es culpa de algún virus que tienes, los virus que he conocido en pen drive ocultan los archivos y carpetas y luego crean accesos directos y dentro de los accesos directos tienen un cógido que llaman a un archivo .vbs. Lo primero que debes hacer es tener un antivirus actualizado (te recomiendo algunos de estos: http://amzn.to/1TzJq63) y luego de ello debes mostrar tus archivos ocultos.
Si haz buscado en internet muchas personas hacen referencia a mediante MSDOS utilizar el comando attrib - r-h-s /s /d *.* pero verás que da acceso denegado y a la final no se muestran los archivos, los pasos correctos son los que te indico a continuación:
1. Ingresa en Símbolo del Sistema como administrador.
2. Escribe la letra de la unidad donde está el pen drive seguido de dos punto y presiona enter, algunas veces es F: otras E: todo depende en que letra esté, para saberlo ingresa por Computer.
3. Escribe el comando attrib *.* -r +a -s -h /s
4. Tus archivos deben aparecer de nuevo.
